La fermentation du café est une étape qui consiste à éliminer le mucilage, une substance visqueuse qui entoure le grain de café après le dépulpage. Le mucilage contient des sucres et des pectines qui peuvent influencer le goût et l'arôme du café. Il existe différentes méthodes de fermentation, qui se distinguent par le degré d'humidité et le temps de séchage.

Les cafés lavés sont ceux qui subissent une fermentation par voie humide. Cela signifie que les grains de café sont plongés dans des cuves d'eau douce pendant 12 à 36 heures, ce qui permet aux bactéries et aux enzymes de décomposer le mucilage. Les grains sont ensuite lavés à l'eau claire pour éliminer les résidus, puis séchés au soleil ou à l'air chaud sur des terrasses ou des tables de séchage. Cette méthode permet d'obtenir des cafés plus propres, plus acides et plus aromatiques, mais aussi plus sensibles à l'oxydation. Les cafés lavés sont souvent utilisés pour les arabicas de haute qualité.

Les cafés séchés (ou nature) sont ceux qui subissent une fermentation par voie sèche. Cela signifie que les grains de café sont séchés avec la pulpe, c'est-à-dire la chair du fruit, sans être dépulpés ni lavés. Les grains sont étalés sur des aires cimentées, carrelées ou sur des lits africains, et exposés au soleil pendant plusieurs jours. Ils sont régulièrement retournés à la main ou au râteau pour assurer un séchage uniforme. Cette méthode permet d'obtenir des cafés plus sucrés, plus corsés et plus typés, mais aussi plus exposés aux moisissures et aux insectes. Les cafés séchés sont souvent utilisés pour les robustas ou certains arabicas.

Il existe aussi des méthodes intermédiaires, comme les honey process ou pulped natural, qui consistent à dépulper partiellement ou totalement les grains de café, puis à les sécher avec une partie du mucilage. Selon la quantité de mucilage laissée sur le grain, on distingue les black honey, les red honey, les yellow honey et les white honey. Ces méthodes permettent d'obtenir des cafés qui combinent la rondeur, le corps, la typicité et la finesse.